La civilización estaba forzando demasiado sus conocimientos sobre la tecnologia hasta tal punto que crearon unos androides gigantes llamados dioses de la destrucción que lo arrasaron todo, dejando muchas zonas cubiertas por plantas venenosas e insectos muy evolucionados, las zonas contaminadas. La poca gente que uqedó viva se agrupó y crearon nuevos reinos, entre ellos el valle del viento, que a pesar de estar cerca de las zonas contaminadas los gases venenosos no llegavan al valle gracias a los fuertes vientos.
 Nausicaä es la princesa del valle del viento y posee un don que la caracteriza y hace que todo su pueblo la adore. Es capaz de comunicarse con el viento, plantas e incluso con los insectos y hacer que estos calemn su furia cuando alguien los molesta.
 Pero algo terrible está a punto de suceder. Se ha descubierto uno de los dioses de la destrucción que ha quedado intacto 1.000 años después de los desastres que ocasionaron y los reinos han empezado una guerra para tomar el control sobre los demás. Nausicaä debe ir a esa guerra para representar a su pueblo, y descubrirá la verdadera razon de la existencia de las zonas contaminadas...