L’actual confraria que rep el nom de «Confraria de Penitents de la Joventut Seràfica de Llucmajor», és un vestigi que ha perdurat fins els nostres dies de l’antiga i brillant, en el seu temps, associació de la Joventut Seràfica, que l’any 1920 ja funcionava, sent superior del Convent el P. Esteve Amer i director de l’associació, el llucmajorer P. Antoni Mojer.

L’objecte de l’associació era promoure la formació social, cristiana, cultural i recreativa dels joves llucmajorers. Al principi, pels actes culturals i recreatius que s’organitzaven, s’aprofitava el corredor de la Coral del Convent. L’any 1929, sent superior del Convent el P. Cristòfol Esteve, i director de la Joventut Seràfica el P. Vicenç Coll, es va aconseguir un nou saló per a l’associació.

L’any 1931 és nomenat superior del Convent el P. Macià Horrach, i el P. Cristofol Esteve queda com director de la Joventut Seràfica. És dintre aquest any de 1931, quan gràcies al P. Cristòfol Esteve, la Joventut Seràfica inicia una brillant etapa de formació de la joventut en tots els caires humans i religiosos, encara que les circumstàncies polítiques espanyoles del moment fossin una miqueta adverses a causa de la recent implantació de la II República.

Durant la Guerra Civil, l’associació, com tot el país, travessa uns anys difícils, amb restriccions de tot tipus. Molts de seràfics es veuen obligats a anar a la guerra. Després d’aquesta, l’associació es reorganitza i pren un nou impuls, seguint amb la formació humana, cultural i espiritual dels joves, per obra del P. Cristòfol Esteve i del nou Vice-director, el P. Sebastià Amengual L’any 1.941 el P. Cristòfol Esteve és destinat a Madrid i substituït com rector de la Joventut Seràfica pel p. Sebastià Amengual.

L’any 1.943, és nomenat superior del Convent, i exerceix els dos càrrecs fins l’any 1947, any que és nomenat superior el P. Bartomeu Verger. Va ser l’any 1.946, quan per obra del P. Sebastià Amengual, va néixer la Confraria de Penitents de la Joventut Seràfica de dintre la mateixa associació. Entre els anys 1.944 i 1.945 associació de la Joventut Seràfica continua mantenint-se en les seves activitats formatives, però iniciant una lenta i irreversible decadència fins l’any 1.955, any que l’activitat arriba a ser gairebé nul·la.

D’ella, avui en dia, sols perdura la Confraria de Penitents de la Joventut Seràfica, que es regeix pels nous estatuts de 13 de Març de 2001.